Οι διμερείς σχέσεις συνεργασίας των δύο χωρών στον αγροτικό τομέα βασίζονται στη Διακρατική Συμφωνία για την Οικονομική, Βιομηχανική και Τεχνολογική συνεργασία που υπεγράφη στις 26/07/1994 και κυρώθηκε την 01/08/1996.
Στο πλαίσιο της Συμφωνίας αυτής, η 1η Μικτή Διυπουργική Επιτροπή μεταξύ των δύο χωρών συγκλήθηκε στο Μπακού, στις 10-11/04/2003, κατά την οποία εκφράστηκε ιδιαίτερο ενδιαφέρον για την προώθηση της γεωργικής συνεργασίας και την παροχή υποστήριξης προς την αζερική πλευρά, ιδιαίτερα σε θέματα εγγείων βελτιώσεων, αρδευτικών έργων και διαχείρισης υδάτων.
Πράγματι, στο σχετικό Πρωτόκολλο που τελικά υπεγράφη, σημειώνεται το γενικότερο ενδιαφέρον για συνεργασία σε επιμέρους τομείς της γεωργίας, όπως η φυτική & ζωική παραγωγή, γεωργική έρευνα και εκπαίδευση, φυτοπροστασία και κτηνιατρική, εκμηχάνιση της γεωργίας, οι έγγειες βελτιώσεις (συμπεριλαμβανομένων των αρδευτικών έργων και της διαχείρισης υδάτινων πόρων).
Σε εφαρμογή των παραπάνω συμφωνηθέντων, ελληνική αντιπροσωπεία τριών εμπειρογνωμόνων του Υπουργείου και ενός Καθηγητή του Γεωργικού Πανεπιστημίου Αθηνών πραγματοποίησε εκπαιδευτική επίσκεψη στο Μπακού (1-7/12/03) για την εκπαίδευση τοπικών εμπειρογνωμόνων σε θέματα εδαφικών-υδατικών πόρων, όπως η χαρτογράφηση φυσικών και χημικών ιδιοτήτων τους, η μεθοδολογία εκτίμησης αγροτο-οικονομικών τεχνικών μελετών, οι τεχνικές προδιαγραφές υδρογεωλογικών μελετών & γεωτρήσεων και η ανάθεση/διεξαγωγή υδρογεωλογικών μελετών. Στη διάρκεια της επίσκεψης, πραγματοποιήθηκαν καθημερινές συναντήσεις/συνεργασίες με κλιμάκια του Υπουργείου Γεωργίας του Αζερμπαϊτζάν στα παραπάνω θέματα. Οι συζητήσεις, ωστόσο, επεκτάθηκαν και πέραν του προγραμματισμένου θεματολογίου με σκοπό τη θεμελίωση μιας ουσιαστικής συνεργασίας μεταξύ των δύο χωρών.
Η 2η Μικτή Διϋπουργική Επιτροπή συνήλθε στην Αθήνα, στις 15/03/2007, κατά την οποία, οι δύο πλευρές, μεταξύ άλλων εξέφρασαν το αμοιβαίο ενδιαφέρον τους για την προώθηση της συνεργασίας τους στον αγροτικό τομέα σε διάφορους τομείς, με ανταλλαγή επιστημονικών/τεχνικών πληροφοριών και know-how, μέσω ανταλλαγής επισκέψεων εμπειρογνωμόνων και συμβούλων, οργάνωσης σεμιναρίων και συνεδρίων για την εκπαίδευση / εξειδίκευση του προσωπικού τους.
Προς υλοποίηση των συμφωνηθέντων και στο πλαίσιο της κρατικής Διμερούς Αναπτυξιακής Βοήθειας της χώρας μας, το Υπουργείο προώθησε τη χρηματοδότηση και επεξεργάστηκε πρόγραμμα σεμιναρίου στο ΜΑΙΧ υπέρ 15 Αζέρων εμπειρογνωμόνων για θέματα αγροτικής ανάπτυξης, πλην όμως το εν λόγω σεμινάριο δεν πραγματοποιήθηκε τελικώς, για λόγους που αφορούσαν την αζερική πλευρά.
Το εμπορικό ισοζύγιο αγροτικών προϊόντων της Ελλάδας με το Αζερμπαϊτζάν ήταν πλεονασματικό κατά την περίοδο 2005-2007 αλλά το 2008 μετατράπηκε σε ελλειμματικό.