Οι διμερείς σχέσεις συνεργασίας Ελλάδας-Μάλτας στον τομέα της γεωργίας αναβαθμίστηκαν από τις αρχές του 2004, μετά την πλήρη ένταξη της μικρής αυτής μεσογειακής χώρας στην ΕΕ.

Στο αρχικό στάδιο της ένταξης της Μάλτας, το ελληνικό Υπουργείο Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων ανέλαβε την εκπροσώπηση της χώρας αυτής, μετά από αίτημα του ομόλογου Υπουργείου, στις Ομάδες εργασίας του Συμβουλίου  για τις αροτραίες καλλιέργειες και για τα Νησιά του Αιγαίου. Έκτοτε, υπήρξε σταθερή επικοινωνία και συνεργασία μεταξύ των αρμόδιων υπηρεσιών των δύο Υπουργείων σε μια σειρά θεμάτων κοινού ενδιαφέροντος, όπως η βιολογική γεωργία και η ανάπτυξη της υπαίθρου.

Στις 1-4/06/2004, το Υπουργείο ανταποκρίθηκε σε αίτημα του Υπουργείου Γεωργίας και Περιβάλλοντος της Μάλτας, οργανώνοντας εκπαιδευτική επίσκεψη ενός Μαλτέζου εμπειρογνώμονα για θέματα αναδασώσεων, διαχείρισης ορεινών υδάτων, και απερήμωσης.

Τον Ιούλιο 2009, το Υπουργείο ανταποκρινόμενο σε σχετικό αίτημα του ομόλογου Υπουργείο της Μάλτας, οργάνωσε και πραγματοποίησε τριήμερη ενημερωτική επίσκεψη Μαλτέζας εμπειρογνώμονα για θέματα του τομέα της ελαιοκαλλιέργειας, τη διαδικασία υιοθέτησης της κοινοτικής νομοθεσίας, τους ελέγχους του καθεστώτος, καθώς και τη νομοθεσία και τους ελέγχους των προϊόντων ποιότητας (ΠΟΠ και ΠΓΕ).